《超级为什么》的故事设定在名为“故事村”的地方，这个村庄位于儿童图书馆书架后面。在每集节目中，主要角色之一 (有时是两位，甚至是所有五位角色) 会面临一个“超级大问题”、“超级大问题”或“超级大谜团”。他们会在书俱乐部 (Book Club) 讨论情况，并决定查阅一本著名故事的书籍来寻找解决方案。

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